A estrutura de gestão do Instituto Pacs é descentralizada, participativa e transparente, com a intenção de desenvolver um sistema não hierárquico de atribuição de responsabilidades. Para fortalecer a participação de seus membros, o Pacs criou espaços ampliados, o que favorece a autogestão e contribui para uma maior convergência e sinergia entre projetos, administração e equipe.